Este Yacimiento Arqueológico Ruinas de Santo Tomás esta situado en las ruinas de la que fuera una de las principales iglesias que se construyen en la ciudad hacia la segunda mitad del siglo XIII.
Se trataba de un hermoso templo a las espaldas del Salvador que tenía anexo un viejo Beaterio y el Hospital de San Pedro y San Pablo. Más tarde, a comienzos del segundo cuarto del siglo XVI, la construcción de la capilla de Nuestra Señora de la concepción o la Purísima, primitiva capilla funeraria de la familia de los Cobos, supuso la mayor y más profunda alteración y reordenación de la primitiva estructura de iglesia medieval.
Fue saqueada e incendiada durante la invasión francesa, y durante todo el siglo XIX no dejó de deteriorarse. Aunque se conservaron bastantes restos hasta 1949, actualmente la principal estructura es un padrón circular, que se mantiene en pie a través del tiempo y que indica el emplazamiento de la antigua iglesia, que era espaciosa y tenía tres naves y varias capillas laterales, ofrecidas por las familias más nobles del lugar.