En la construcción de este templo de dimensiones catedralicias participaron a lo largo de varios siglos grandes artistas como Jacobo Florentín y Egas en su etapa gótica y Vandelvira bajo la dirección de Covarrubias y Siloé en la renacentista. Se produce en ella una interesantísima simbiosis de elementos de procedencia toledana y andaluza.
Su interior alberga intervenciones y objetos de una calidad contrastada como pueden ser: la bóveda gótica oculta por la cabecera siloesca en forma de concha; la portada gótica-isabelina de la Sacristía Vieja; la bóveda plateresca del interior de ésta; el órgano de estilo barroco, construido por Matías Salanova en 1777; o el coro barroco del siglo XVIII obra del escultor Jerónimo Caballero.
En 2009 fue nombrado Templo Jubilar Perpetuo por el papa Benedicto XVI. Es el primer templo de la diócesis de Guadix con afiliación a la Basílica Papal de Santa María La Mayor de Roma. Con esto todo aquel que peregrine a la Iglesia de Santa María alcanzará la Indulgencia Plenaria.