En 1550, les premiers religieux de l'Ordre de San Francisco arrivèrent à Baena. Leur protectrice, Doña María de Mendoza y Sarmiento, épouse du premier duc de Baena, construisit l'Église conventuelle de San Francisco, un cloître et couvent. Le bâtiment actuel date cependant du XVIIe siècle. L'église d'une seule nef et un transept est recouverte par une voûte en demi-berceau avec des arcs-doubleaux et des tuiles. Tous les murs sont ornés de peintures constituées de décoration en art rocaille, qui donnent à l'ensemble un aspect impressionnant.
La porte principale, du XVIIIe siècle, est très simple. Deux pilastres toscans flanquent la porte à linteaux. L'autre porte, qui donne sur une rue latérale, à fronton plein et pinacles pyramidaux du XVIIe siècle, est encore plus simple.
Le retable principal est en bois sculpté et polychrome de 1740. Dans cette église se trouve l'image vénérable de Jésus de Nazareth, dont la tête est une sculpture de style baroque réalisée entre 1701 et 1733 par Miguel de Perea, de l'école sévillane.