En plein cœur du quartier des monuments de la ville d'Arjona, l'Iglesia María del Alcázar s'élève au-dessus d'un site sacré qui rappelle à la mémoire la nuit des temps. Il semble que des sanctuaires aient été construits sur le site par les différentes cultures qui ont traversé la ville tout au long de son histoire : d'un temple romain dédié à Auguste à la grande mosquée de l'Alcázar deAryuna. Enfin, après la conquête du lieu par les troupes de Ferdinand III (1244), la propriété fut transformée en église.
Il tient son caractère militaire, telle une forteresse, entourée de contreforts, de cette période à la fin du Moyen Âge. Plus tard, dans la première moitié du XVIe siècle, aidé par des fonds provenant des Amériques, il prendra sa forme définitive, qu'il conserve aujourd'hui. Elle possède une nef unique avec un transept court, en forme de croix, avec deux chapelles s'élevant au-dessus de la nef. Ce type de distribution nous rapproche sans doute des approches stylistiques du gothique élisabéthain (transit du XVe au XVIe siècle).
Le temple actuel a deux entrées, au nord et à l'ouest, toutes deux avec des arcs ogivaux. La deuxième porte, au pied de l'église, a conservé dans la clé de voûte de l'arc un masque qui représente un Baphomet, un chevalier de l'Ordre du temple. Depuis 1843, l'église a conservé les images des saints patrons de la ville : San Bonoso et San Maximiano. À côté, une œuvre du sculpteur valencien basé à Jaén, Ramón Mateu, une image de Santa María del Alcázar, également co-patronne de la ville.