La Parroquia de San Sebastián alberga la imagen del patrón de la ciudad de Huelva. Es de estilo moderno, de 1959, proyectado por el arquitecto Ricardo Anadón Frutos. Nace de la necesidad de dotar a San Sebastián de un lugar digno de culto, tras la demolición de su ermita originaria. La imagen fue trasladada a una capilla improvisada en el cementerio, antes de finalmente poder ocupar su lugar en el actual templo.
De su interior destacan las amplias vidrieras, así como la capilla de la reliquia, con un retablo obra de Germán Franco. De él salen para hacer su estación de Penitencia dos Cofradías: la Hermandad de los Mutilados y la Hermandad de los Estudiantes.
Fue bendecida por el primer obispo de Huelva, Pedro Cantero Cuadrado.