Guájar-Fondón, junto con Guájar-Alto y Guájar-Faragüit, forma parte del término municipal de Los Guájares, en la Sierra del mismo nombre, primer escalón montañoso que, junto con la Sierra de Lújar, nos aproxima desde el mar a la vertiente suroccidental de Sierra Nevada.

Guájar-Alto ocupa, como su nombre indica la posición más alta en la montaña (último punto en la carretera que comunica las tres poblaciones), Guájar-Faragüit está entre los otros dos Guájares y es la cabecera del término (en él se encuentran el Ayuntamiento y los servicios municipales) y Guájar-Fondón es el que está más "al fondo" en los tajos que configuran el singular paisaje donde se enclavan estas localidades.