En 1550 llegaron a Baena los primeros religiosos de la Orden de San Francisco, siendo su protectora Doña María de Mendoza y Sarmiento, esposa del primer Duque de Baena, construyendo la Iglesia Conventual de San Francisco, claustro y convento aunque la obra actualmente existente data del siglo XVII. La iglesia es de una sola nave con crucero, cubierto con bóveda de medio cañón con fajones y lunetos. Todos los muros están adornados con pinturas constituidas por decoración de rocalla, que dejan al conjunto un aspecto impresionante.
La puerta principal del templo es muy sencilla, data del siglo XVIII. Dos pilastras toscanas flanquean la puerta adintelada. Más simple aún es la otra puerta que da a una calle latera, con frontón completo y pináculos piramidales del siglo XVII.
El retablo mayor es de madera tallada y policromada de 1740. En esta iglesia se encuentra la venerable imagen de Jesús Nazareno, cuya cabeza es una talla de estilo barroco realizada entre los años 1701 - 1733 por Miguel de Perea de la escuela sevillana.