La Iglesia de San Francisco se encuentra en el mismo lugar donde se estableció el antiguo convento de los Franciscanos, en la Plaza de la Fuente Nueva, en Martos, Jaén. De la iglesia original sólo se conserva la portada de estilo barroco de influencias coloniales, que es notable por su rica decoración.
En la portada se puede ver una talla de San Francisco de Asís y muchos detalles ornamentales, incluyendo motivos geométricos, vegetales y figurativos, así como rostros humanos.
La portada data del siglo XVI, y tiene un vano de medio punto sobre pilastras, que enmarca la puerta de acceso. Está rodeada a ambos lados por columnas corintias de fuste liso que sostienen un entablamento adornado con motivos vegetales. El arco se descompone y cada dovela se decora con diferentes temas. Podemos destacar la clave con una voluta o con una hoja de acanto invertida, donde se encuentra en relieve la cabeza de una persona con rasgos indoamericanos.
Hay una hornacina con un dintel grueso sostenido por columnas dobles, con un pequeño entablamento rematado con un frontón triangular. En los lados de la hornacina hay escudos y dos pináculos sobre las columnas, que están unidas a un muro de piedra con una cornisa en la parte superior.
La iglesia que conocemos hoy en día se construyó en la década de los 70, durante el siglo XX.