Esta pequeña iglesia es una de las más antiguas de la ciudad de Huelva, ubicada en el antiguo barrio de San Sebastián, y a pocos metros de la Iglesia de San Pedro.
Su construcción se data en el S. XV, aunque el aspecto que presenta actualmente, de estilo barroco, se debe a la sucesivas restauraciones que ha tenido a lo largo de su historia, cuyos usos han sido de los más variados: sede de Cátedra en el S. XVII, hospital, academia de música, escuela, hasta haber caído en el abandono... Ya en el 1992 se retoma su rehabilitación, quedando establecida como iglesia.
Destaca en su interior por su cripta y por sus imágenes procesionales de Semana Santa.