Der Bau der Wallfahrtskirche Santa Clara begann 1519 auf Initiative von Juan de la Rosa auf der Allmende außerhalb des Ortes und war Klara von Assisi gewidmet. Sie ist eines der ältesten Gebäude in El Puerto de Santa María in der Provinz Cádiz.
Damals stand die Stadt unter der Jurisdiktion der Herzöge von Medinaceli, die den Bau religiöser Gebäude förderten, um die religiösen Orden anzuziehen, die die Evangelisierung des neuen Kontinents durchführen würden. In der Mitte des 16. Jahrhunderts unterstand die Wallfahrtskirche der Bruderschaft von Santa Clara. Der architektonische Stil der Wallfahrtskirche kann als eklektisch eingestuft werden, da er das Ergebnis der aufeinanderfolgenden Eingriffe im Laufe der Jahrhunderte ist. Die Kirche verbindet die architektonische Einfachheit der Anfänge mit der heute verschwundenen Mudéjar-Kassettendecke mit der aufwendigen Architektur des 19. und 20. Jahrhunderts in der halbrunden Kuppel und den Fresken mit religiösen Szenen aus dem späten 18. oder frühen 20. Jahrhundert.
Rund um die Ermita de Santa Clara wurde ein Friedhof aus dem 15. Jahrhundert gefunden, der bis ins 19. Jahrhundert bestand, als er 1802 durch den Friedhof Campal de la Santa Cruz ersetzt wurde. Dieser alte Friedhof wurde ausgegraben und untersucht, wobei äußerst interessante Überreste gefunden wurden.
Aktuell ist die Wallfahrtskirche Teil des Jakobswegs, genauer gesagt, ein Teil der Via Augusta, ein Abschnitt zwischen Cádiz und Sevilla. Nach der Wiederherstellung wurde sie zum Zentrum für Erhaltung und Restaurierung von beweglichen Gütern und Startpunkt der "Ruta del Arte Religioso y Sacro" - Route für religiöse und Sakralkunst - in El Puerto und Barrio Alto.