1550 kamen die ersten Mönche des Franziskanerordens nach Baena. Ihre Protektorin war Doña María de Mendoza y Sarmiento, die Frau des ersten Herzogs von Baena, die die Klosterkirche des Heiligen Franziskus, den Kreuzgang und das Kloster errichten ließ. Das heutige Bauwerk ist jedoch aus dem 17. Jahrhundert. Die einschiffige Kirche hat ein Querschiff, das mit einem Halbkuppelgewölbe mit Gurtbögen und Lünetten überwölbt ist. Alle Wände sind mit Rocaille-Malereien verziert, die dem Raum ein eindrucksvolles Aussehen verleihen.
Das Hauptportal der Kirche ist sehr schlicht und stammt aus dem 18. Jahrhundert. Zwei toskanische Pilaster flankieren das Portal mit Türsturz. Noch schlichter ist die zweite zu einer Seitenstraße führende Tür mit einem Vollgiebel und pyramidenförmigen Fialen aus dem 17. Jahrhundert.
Das Altarbild des Hochaltars wurde 1740 aus geschnitztem und polychromiertem Holz gefertigt. In dieser Kirche befindet sich das ehrwürdige Bildnis des Jesús Nazareno, dessen Kopf eine Schnitzerei im Barockstil ist, die zwischen 1701 und 1733 von Miguel de Perea aus der sevillanischen Schule geschaffen wurde.